Этот фразеологический оборот является эллиптической конструкцией, в которой en заменяет du mal.
Следовательно, его полная форма будет vouloir du mal à qn. (букв, желать зла кому-л.)
Grand Dieu, chère amie, j’ai la main malheureuse avec cet enfant, et vous allez encore m'en vouloir (Stendhal).
De toute la Revue, Manheim continua, seul, à n'en pas vouloir à Christophe: il s«était amusé de lui tout son soûl (R. Hоlland).
